វត្តឥន្ទ្រាធិបតីឬវត្តសង្កែ ត្រូវបានផ្តើមកសាងឡើងដោយលោកកឋាថន ញ៉ុញ ឬលោកម្ចាស់ព្រះកោដ្ឋ ដែលត្រូវជាឪពុកចៅពញា កឋាថន ឈុំ ក្នុងទសវត្សរ៍ឆ្នាំ១៩០០។ ស្ថាបត្យកម្មនៃព្រះវិហារ គឺជាប្រភេទសំណង់កម្រនិងជួប ព្រមទាំងព្រះអង្គជីវ៍ ដែលមានបារមីខ្លាំងពូកែ។ នៅសម័យខ្មែរក្រហម គេបានយកព្រះវិហារវត្តសង្កែនេះជាឃ្លាំងដាក់គ្រាប់រំសេវ ទើបនៅចុងខែធ្នូ ឆ្នាំ១៩៧៨ យន្តហោះបានទំលាក់គ្រាប់លើព្រះវិហារនោះធ្វើឱ្យឆេះ និងខូចខាតទាំងស្រុង ប៉ុន្តែព្រះអង្គជីវ៍ ក្នុងព្រះវិហារមិនខូចខាតអ្វីឡើយ។ នៅឆ្នាំ១៩៩៣ ទើបគេបានកសាងព្រះវិហារថ្មីលើទីតាំងខឿននៃព្រះវិហារចាស់ដដែល និងកំពុងបន្តកសាងបន្ថែមនូវសំណង់ផ្សេងៗ ដើម្បីអូសទាញភ្ញៀវទេសចរណ៍ជាតិនិងអន្តរជាតិ។ នៅប៉ែកខាងកើតព្រះវិហារមានសេសសល់ចេតីយ២ ដែលបានបន្សល់ទុកចំណារថាជាចេតិយសែស្រឡាយ កឋាថនឈុំ កាលពីសម័យមុនៗ។